MRワゴンの2代目モデルは2006年1月の発売。初代モデルはスタイリッシュな外観と密度の高いパッケージングで人気を集めたが、2代目モデルはその良さを受け継ぎながらも、小さな子供を持つ20代～30代の女性ユーザーを強く意識したクルマに仕上げた。『ママに便利、子供に優しい』をなテーマに、女性社員の声を反映させて開発を進めたとのこと。大きな丸型ヘッドライトがかわいらしさを表現し、インテリアデザインも女性向き。
助手席のクッション下に大きなラゲッジスペースを設け、そこにマイバスケットを置けるよう、収納にも気を配った。小さな子供が乗り降りのしやすいリヤドアの開口部を作るなどの配慮もしている。搭載エンジンは直列3気筒0.66リッターのDOHCで、可変バルブタイミング機構付きの自然吸気仕様とインタークーラー付きターボ仕様の2機種。トランスミッションは全車とも4速ATで、各グレードごとにFFとフルタイム4WDが用意される。廉価モデルのGではABSがオプション設定となるが、デュアルSRSエアバッグやフォースリミッター付きプリテンショナーシートベルトなど、基本的な安全装備は全車に標準で用意される。
上級グレードにはフィルター付きエアコンやMD/CDプレーヤーが標準となる。2006年12月には個性的な外観デザインと上質なインテリア、充実した快適装備を持つウィットシリーズを追加。2009年12月には内外装デザインに手を加え、装備を充実化した。同時にエンジンを改良してエコカー減税に適用させた。
標準系はGとXの2グレードの構成。2009年6月の時点で標準系にターボ仕様のエンジンを搭載したTは廃止された。両グレードとも自然吸気仕様のエンジンと4速AT車の組み合わせで、FFと4WDの選択が可能。GはABSがオプション設定になるなど、装備が貧弱な部分があって選びにくい。後から追加されたウィット系は、GS、XS、TSの3グレードの構成で、GS、XSには自然吸気エンジンが搭載され、TSにはターボ仕様が搭載される。全車4速ATのみの設定でFFと4WDがあることなどは標準系と共通だ。ウィットではGSにもABSが標準装備されるほか、キーレススタートシステムや電動格納式ドアミラーなどの快適装備も標準となる。ターボ仕様のエンジンを搭載したモデルではタイヤサイズやブレーキ、スタビライザーなどのシャシー系にも仕様の違いがある。
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